医学实验中心成立于2005年，2019年6月获批浙江省“十三五”省级重点建设实验教学示范中心, 其中医学虚拟仿真实验教学中心于2015年12月获批“十二五”省级虚拟仿真实验教学示范中心重点建设项目。目前实验室建筑面积14626平方米，教学及科研仪器设备近7000台件，设备总值8300余万元，拥有桥式超大空间可平移清醒大型活体动物成像系统、大空间可平移易清醒活体动物微成像系统、听觉生理工作站、共聚焦显微镜、全自动流式细胞分选仪、全自动流式细胞分析仪、荧光定量PCR仪、超临界萃取仪等大型仪器设备25台套。中心下设临床技能实验室、机能学实验室、形态学实验室、药学实验室、科研实验室和实验动物中心6个二级实验室，拥有医学电子与数字健康浙江省重点实验室、生命健康智能感知浙江省工程研究中心和医学分子生物学、肿瘤光动力靶向药物研究2个嘉兴市重点实验室。中心已成为面向学校和嘉兴地区医学及相关专业开展实践教学、科学研究及技能培训等的重要平台。